Mercredi 7 Octobre 2020 (MeetUp)

(Thomas Lin Pedersen )

(Thomas Lin Pedersen )

(Thomas Lin Pedersen )

Sauvegarder
le code

pas l’environnement !

Sauvegarder le code

Les scripts :

  • standards” dans un fichier .R

  • Rmarkdown” dans un fichier .Rmd

Les “données” :

  • un objet dans un .rds

  • une liste d’objet dans un .Rdata

Utiliser un IDE


(“Integrated Development Environment”)

Utiliser un IDE

Faire
Table Rase
à
Chaque Démarrage !

Faire table rase à chaque démarrage !

Faire table rase à chaque démarrage !

Faire table rase à chaque démarrage !

Lorsque vous quittez :

  • Ne pas enregistrer votre espace de travail (workspace*) !

Lorsque vous démarrez :

  • Ne pas charger l’espace de travail sauvegardé précédemment !

* Le workspace est automatiquement sauvegardé/chargé via un fichier nommé .Rdata (là où s’execute ).

Faire table rase !

Dans Windows

Faire table rase !

Dans RStudio (Tools > Global options)

Faire table rase !

Dans un Terminal

.bash_profile

Comment Réinitialiser ?

Avec
rm(list = ls())
?

Avec
rm(list = ls())
?

Que ne fait pas rm(list = ls()) ?

  • Réinitialiser la session en cours

  • Réinitialiser les options()
    options(stringsAsFactors = FALSE)*

  • Réinitialiser le répertoire de travail
    getwd()setwd()

  • Réinitialiser les extensions attachées

*En passe de devenir la valeur par défaut pour la prochaine itération de (Kurt Hornik: stringsAsFactors).

Mais alors que fait rm(list = ls()) ?

help(rm)

Comment réinitialiser ?

Redémarrer !

If the first line of your R script is

rm(list = ls())

I will come into your office and SET YOUR COMPUTER ON FIRE 🔥.

— Jenny Bryan

Réinitialiser

  • Dans une console
    • Via le raccourci Ctrl+D
    • Via la fonction q() dans une console

Réinitialiser

  • Dans RStudio :
    • Via le raccourci Ctrl+Shift+F10
    • Via le menu

Démarrage de

.Renviron & .Rprofile

.Renviron & .Rprofile

  • .Renviron - contient des variables d’environnement
  • .Rprofile - contient du code

.Renviron

  • .Renviron - contient des variables d’environnement

.Renviron

  • .Renviron - contient des variables d’environnement
R_MAX_NUM_DLLS=300
GITHUB_PAT=abc123
TZ='Etc/UTC'
R_LIBS_USER=~/R/%p/%v

La variable R_PROFILE_USER permet de définir à partir de quel répertoire le .Rprofile est chargé.

R_PROFILE_USER=~/.Rprofile # Par défaut

.Rprofile

.Rprofile

Peut-on mettre tout dans .Rprofile ?

  • Définir un dépôt CRAN
  • Écrire un message d’accueil
  • Personnaliser l’invite de commandes
  • Modifier les options d’affichage (p.ex., largeur en nombre de caractères options(width = 120))
  • Charger des extensions fréquemment utilisées
  • Ajouter des raccourcis et/ou alias à des fonctions

Mais, ATTENTION !

.Rprofile et reproductibilité

Ce qui figure dans le fichier .Rprofile :

  • Ne doit avoir aucune incidence sur un script .R ou .Rmd
  • A pour objectif d’être utilisé uniquement de façon interactive (directement dans la console)

.Rprofile et reproductibilité

Le .Rprofile est chargé dans l’environnement à chaque execution d’un processus R (Rscript et R).

Mon .Rprofile (GitHub)

Désactiver les fichiers de démarrage

  • --vanilla - pour désactiver le chargement de tous les fichiers de démarrage

  • --no-init-file - pour désactiver le chargement du fichier .Rprofile

  • --no-environ - pour désactiver le chargement du fichier .Renviron

Utiliser un Mode “Projet”

If the first line of your R script is

setwd("C:\Users\jenny\path\that\only\I\have")

I will come into your office and SET YOUR COMPUTER ON FIRE 🔥.

— Jenny Bryan